Вопрос о происхождении озера до сих пор не
нашел окончательного решения Высокие южные и западные береговые
склоны, округлая форма озерной ванны, ровная береговая линия,
большие глубины (до 32 м) дают повод предполагать
карстовое происхождение озера. В. В. Докучаев (1886) относил его к
провальным озерам, С. С. Станков (1951) — к озерам смешанного
происхождения. Но работы Горьковской геологоразведочной экспедиции
показали, что карстующиеся породы отсутствуют до глубины
250 м, а залегающие на большей глубине
известняки, гипсы, ангидриты не затронуты карстовыми процессами.
Есть высказывания о его ледниковом (эоловом) происхождении. По
мнению геолога Г. И. Блома, Светлояр — остаток древнего русла Люнды.
Участник экспедиции журнала «Смена» (1968) геолог В. И. Никитин
считает, что котловина озера лежит в узле пересечения двух глубинных
разломов земной коры: опускание и размыв пород и послужили причиной
образования озера. Неотектонический провал мог возникнуть, в
частности, во время землетрясений 1596 года, которое было отмечено в
Нижнем Новгороде, или 1807 года, 5—6-балльные толчки которого были
зарегистрированы близ впадения Ветлуги в Волгу.
Есть еще одна гипотеза. Известно, что ванна
озера представляет собой глубокую впадину с двумя опоясывающими
террасами: одна — на глубине 6—8 м, другая — на глубине 18—20 м. На
верхней из них обнаружены остатки елового леса. Участник экспедиции
журнала «Смена» гидролог Д. А. Козловский высказал предположение,
что Светлояр образовался в несколько приемов: его глубоководная чаша
возникла около 1500 лет назад, нижняя подводная терраса — около 800
лет назад, верхняя — 350—400 лет тому назад. Последняя цифра
подтверждена исследованиями древесных остатков радиоуглеродным
методом.